Pour veiller à la sécurité de Lyokô et éviter les risques de propagation de virus, Franz Hopper a également créé Aelita, une créature humanoïde virtuelle capable de déconnecter les tours des circuits terrestres. Malheureusement, le rêve du scientifique s'est transformé en cauchemar le jour où sa disparition a affecté un bug à X.A.N.A qui, devenu fou, a décidé de détruire la Terre en propageant des milliers de virus informatiques capables de prendre possession des objets et des êtres vivants !
Désormais, la survie de la planète dépend de Yumi, Ulrich, Odd et Jérémie. Mais pour eux, pas question de détruire X.A.N.A, car cela signifierait la mort d'Aelita, leur nouvelle amie ! Les quatre compagnons n'ont donc pas le choix : quand un nouveau virus menace la Terre, ils empruntent en secret la porte virtuelle pour se matérialiser sur Lyokô ! Ainsi "virtualisés" par Jérémy, les collégiens se transforment en combattants, les protecteurs d'Aelita, le seul être capable de désactiver des virus et l'ennemi juré des monstres digitaux de X.A.N.A... Une mission dangereuse au nom de l'amitié et pour la survie de l'humanité !